Installation

TB-Profiler peut être installé en utilisant différentes méthodes. La plus simple est d'utiliser conda mais vous pouvez aussi l'installer manuellement.

Conda

Conda peut fonctionner comme un paquet de gestion est disponible [ici] (https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html). Si vous avez conda, assurez-vous que les canaux bioconda et conda-forge sont ajoutés :

conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

Vous pouvez ensuite l'installer avec :

conda install -c bioconda tb-profiler

Si cela prend beaucoup de temps ou se plaint d'incohérences, il y a plusieurs choses que nous pouvons faire. La première est de passer à mamba install. mamba est en fait un remplacement direct de conda, mais il est beaucoup plus rapide. Si vous ne l'avez pas encore, vous pouvez l'installer avec :

conda install -c conda-forge mamba

Deuxièmement, tb-profiler est fourni avec de nombreux logiciels. Cela peut souvent causer des problèmes de compatibilité avec d'autres logiciels installés dans l'environnement de base de Conda. Il est donc recommandé d'installer tb-profiler dans son propre environnement avec :

mamba create -n tb-profiler tb-profiler

Manuellement

Il est possible d'effectuer une installation manuelle. Les pré-requis suivants seront nécessaires à l'exécution : trimmomatic (>=v0.38), bwa (>=v0.7.17), minimap2 (>=v2. 16), bowtie2 (>=v2.3.5), samtools (>=v1.9), bcftools (>=v1.9), GATK (>=v4.1.4.0), tqdm (>=v4.32.2) et parallel (>=v20190522). Le pipeline devrait fonctionner et a été testé sur les versions du programme indiquées entre parenthèses.

Pour installer la bibliothèque, vous pouvez ensuite utiliser :

pip3 install git+https://github.com/jodyphelan/TBProfiler.git
pip3 install git+https://github.com/jodyphelan/pathogen-profiler.git
mkdir `python -c "import sys; print(getattr(sys, 'base_prefix', getattr(sys, 'real_prefix', sys.prefix)));"`
tb-profiler update_tbdb

Docker

La pipline peut également être exécutée via docker. C'est pratique lorsque les méthodes précédentes échouent pour une raison ou une autre. Téléchargez la dernière image en utilisant :

docker pull quay.io/biocontainers/tb-profiler:4.3.0--pypyh5e36f6f_0

Si la méthode ci-dessus ne fonctionne pas, n'hésitez pas à soulever un problème. Nous essayerons de vous aider à démarrer !