Serveur web

Serveur web LSHTM TB-Profiler

Si vous n'avez pas accès à un environnement linux ou macOS, vous pouvez toujours utiliser tb-profiler en utilisant notre serveur web à l'adresse http://tbdr.lshtm.ac.uk/.

Vous pouvez télécharger vos données de séquençage de nouvelle génération au format fastQ. Vous pouvez télécharger un ou deux fichiers fastq (forward et reverse). Lorsque vous téléchargez vos données, un identifiant unique est attribué à la série. Veuillez noter cet identifiant, car vous en aurez besoin pour retrouver vos résultats ultérieurement. Il est également possible de télécharger des échantillons par lots.

Mise en place de votre propre serveur web

Le code du serveur web est disponible ici. Il s'agit encore d'un développement précoce, mais vous pouvez l'utiliser pour mettre en place votre propre instance du serveur. Pour ce faire, exécutez le code suivant :

# Install libraries
git clone https://github.com/jodyphelan/tb-profiler-webserver.git
cd tb-profiler-webserver
python setup.py install

# Run flask
export FLASK_APP=tbprofiler_web
export FLASK_ENV=development
flask run

# Run rabbit-mq server
rabbitmq-server

# Run celery
celery -A tbprofiler_web.worker worker --loglevel=info --concurrency=1