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Windows

Malheureusement, le logiciel bioinfomatic dont dépend tb-profiler ne fonctionne pas sous Windows, il ne peut donc pas être installé avec conda. Il y a cependant une autre option : l'exécuter avec docker. Ce guide rapide explique comment installer docker et le configurer pour exécuter tb-profiler.

Étape 1 - Télécharger et installer docker

Allez sur https://docs.docker.com/desktop/windows/install/ pour obtenir le dernier fichier d'installation de Docker. Une fois le fichier téléchargé, exécutez-le et suivez les étapes recommandées. Au cours du processus d'installation, il se peut que l'on vous demande de redémarrer votre ordinateur à plusieurs reprises.

Une fois l'opération terminée, vous serez invité à installer WSL 2.

Là encore, suivez le lien sur l'invite (https://aka.ms/wsl2kernal) et suivez les instructions.

Étape 2 Installer l'image docker de tb-profiler

Chaque nouvelle version de conda est également construite pour docker et est disponible sur quay.io. Pour obtenir l'image, cliquez sur le menu Démarrer et ouvrez un programme appelé PowerShell.

Une fois ouvert, tapez ce qui suit :

docker pull quay.io/biocontainers/tb-profiler:4.3.0--pypyh5e36f6f_0

Étape 3 Créer un container

Maintenant que vous avez l'image, vous pouvez configurer un container. Pour ce faire, vous pouvez ouvrir Docker Desktop qui a été installé dans le cadre de l'installation de Docker. Naviguez vers l'onglet "Images" et survolez l'image tb-profiler et cliquez sur "Run". Développez la section "Optional settings" et remplissez la case Volumnes. Cela vous permet de faire correspondre un dossier sur votre machine locale à un répertoire dans le container linux :

  • Host path: cliquez sur les trois points pour vous aider à sélectionner le dossier
  • Container path: ecrir "/mnt"

Cliquez ensuite sur "Run"

Étape 4 Ouvrir un terminal à partir du conteneur

Naviguez maintenant vers l'onglet "Containers" dans Docker Desktop, survolez le conteneur et cliquez sur le bouton "CLI" comme indiqué ci-dessous.

Cela ouvrira une fenêtre de terminal où vous pourrez exécuter des commandes linux - y compris tb-profiler !

Naviguez d'abord jusqu'au répertoire "/mnt", puis exécutez tb-profiler comme indiqué ailleurs dans cette documentation.

cd /mnt
tb-profiler profile -h